Основой фамилии Клеников послужило церковное имя Клеоник. Мужское личное каноническое имя Клеоник имеет греческое происхождение и означает «славный победитель». В процессе употребления имени гласная «о» могла быть опрощена, как, например, в краткой форме этого имени Кленик. На Руси почитался мученик Клеоник. Это имя носил духовник царицы Евдокии Федоровны, первой жены Петра I, во время заточения ее в Шлиссельбургской крепости. По другой версии, фамилия Клеников восходит к прозвищу Кленик. Оно же произошло от слова «клен». Раньше клен широко использовался для создания мебели, предметов быта. Так, в домах вдоль стен стояли широкие лавки из клена, которые могли быть с орнаментированными подзорами и резными ножками, скамьи разных конструкций. Важной отраслью ремесленного производства было изготовление ложек из древесины клена, разнообразных по форме, украшенных резным орнаментом или раскрашенных. Таким образом, человек, получивший прозвище Кленик, мог заниматься вырезанием различных изделий из клена. Таким образом, потомок человека, обладающего именем или прозвищем Кленик, со временем получил фамилию Клеников.