Фамилия Калеников принадлежит к числу русских фамилий, образованных от личного имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ов. В основе лежит имя Каленик, и здесь возможны два основных объяснения.

Первая версия — церковная. Каленик — это народная, обиходная форма крестильного имени Каллиник. Имя греческого происхождения: от слов «каллос» (красота) и «нике» (победа). В сумме оно значит «добрый победитель» или «прекрасный победитель». Имя было известно на Руси, но встречалось не так часто, поэтому и фамилия Калеников не входит в число самых распространённых.

Вторая версия связывает фамилию с прозвищем от глагола «калить» — нагревать в огне. Калеником могли назвать кузнеца, который постоянно имел дело с раскалённым металлом. Но прозвище могло относиться и к человеку «калёному», то есть закалённому жизнью, бывалому, суровому. В саратовских говорах у слова «каляный» было и значение «упрямый, упорный». Обе версии имеют право на существование, и в конкретном случае предки разных носителей фамилии могли получить своё родовое имя по разным причинам.

Если опираться на распространённость, то версия с крестильным именем Каллиник выглядит более типичной для русской ономастики: множество фамилий образовано от уменьшительных форм канонических имён. Однако прозвищная версия не менее правдоподобна, особенно если учесть, что в некоторых регионах имя Каленик бытовало и как самостоятельное, нецерковное. Точно определить, какой случай имел место для конкретной семьи, можно только по историческим документам и локальной традиции.

В любом случае фамилия Калеников — это отчество второго порядка: сначала человека звали Калеником, а его дети стали Калениковыми.