Фамилия Клинушин образована от прозвища Клинуша. В его основе лежит слово «клин» — многозначное, и разобраться, какое именно значение дало прозвище, можно только оценив контекст. Самая распространённая версия связана с земледелием: клином называли узкую полосу поля, засеянную одной культурой. В этом случае прозвище могло указывать на место жительства (человек, живший на таком клине) или на род занятий — например, лесничего, отвечавшего за выделение и расчистку участков.

Впрочем, у слова «клин» есть и ремесленное значение — треугольный кусок ткани, вставка в одежде. Поэтому прозвище Клинуша мог получить портной или продавец одежды, специализировавшийся на таких деталях кроя. Обе версии правдоподобны, и без точных сведений о первых носителях фамилии выбрать одну из них сложно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Клинушин — «сын Клинуши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Сама фамилия редкая, её носители встречаются в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает связь с земледельческими или ремесленными традициями этих регионов.