Фамилия Клинушкова — женская форма, мужской вариант — Клинушков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Клин, которое в старину было распространено на Руси. Слово «клин» многозначно: это и геометрическая фигура, и часть одежды, и орудие труда, и земельный надел. Чаще всего прозвище Клин давали человеку с узкими, раскосыми глазами, либо тому, кто жил на клинообразном участке земли — например, на стрелке рек или в углу между оврагами. Возможна и профессиональная подоплёка: клином называли брусок для заточки кос, так что прозвище могло закрепиться за косарём или кузнецом.

Суффикс -ушк- в фамилии Клинушкова необычен. Обычно фамилии образуются на -ов/-ев или -ин, но здесь мы видим уменьшительно-ласкательный суффикс, который чаще встречается в прозвищах и личных именах: Клин — Клинушка. Так могли называть младшего сына или подростка, помогавшего отцу-клинушнику (мастеру по изготовлению клиньев). Фамилия Клинушков, вероятно, закрепилась сначала как отчество: «чей будешь?» — «Клинушков», то есть сын Клинушки. Со временем суффикс перестал восприниматься как уменьшительный и стал частью фамильной основы.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Костромской, Архангельской. В этих краях слово «клин» в значении «участок леса» или «полоса пашни» было особенно употребительно. Встречаются однокоренные фамилии Клинов, Клинков, Клиновский, но Клинушков стоит особняком из-за редкого суффикса, что указывает на более позднее формирование — возможно, в XVII–XVIII веках, когда фамилии только начинали закрепляться у крестьян.

Социальный статус носителей, скорее всего, был крестьянским или ремесленным. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Клинушка, но до фамилии в современном смысле оставался ещё шаг — окончательное закрепление произошло уже после реформы 1861 года, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам предков.