Фамилия Клинушина — женская форма, мужской вариант — Клинушин. Она образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Клинушин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Клин или Клинуша. В центре этой фамилии — не ремесло, а, скорее всего, внешняя черта, характер или бытовая деталь.

Самая прямая версия: прозвище Клин давали человеку с острыми чертами лица, узкой фигурой или клинообразной бородой. В русских говорах слово «клин» имело и переносные значения — так могли назвать упрямого, «клинком» вбивающего своё мнение человека. Менее распространённый вариант — Клинуша как уменьшительно-ласкательная форма от того же корня, с суффиксом -уш-, который часто встречается в неофициальных именованиях (например, Милуша, Ванюша).

По географии фамилия Клинушины встречается нечасто, но имеет заметный след в центральных и северных областях России. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии фиксировались в Вятской, Костромской и Пермской губерниях — в зоне активного расселения крестьян и ремесленников. Это указывает на возможную связь с прозвищем, а не с фамилией, возникшей в среде духовенства или дворянства.

Есть и альтернативная, но менее вероятная версия — от названия села или деревни Клин, Клинуши. Однако в ономастике известно, что фамилии на -ин от топонимов образуются реже, чем от личных прозвищ, и обычно требуют дополнительных суффиксов (например, Клинский). Так что основа «Клин-» здесь, скорее всего, прозвищная.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Клинков, Клинов, Клинышев — показывает, что Клинушин стоит особняком: суффикс -уш- придаёт ей уменьшительный, почти ласковый оттенок. Это могло означать, что прозвище дали не взрослому мужчине, а подростку или человеку невысокого роста с характерной внешностью. Таким образом, фамилия Клинушина несёт память о конкретном, живом облике предка — возможно, узколицего, острого на язык или просто носившего клинообразную бороду.