Фамилия Клинюшин — редкий случай, когда основа настолько затемнена, что без исторической фонетики не обойтись. На первый взгляд, корень «клин» кажется очевидным: от названия заострённого куска металла или дерева. Но суффикс «-юш-» подсказывает, что перед нами не прямое прозвище, а патроним — фамилия, образованная от личного имени или прозвища через форму притяжательности.

Скорее всего, в основе лежит неканоническое имя Клинюша. Такие имена на «-юша» в русской традиции давали по какому-то яркому признаку: Клинюша мог быть человеком с острыми чертами лица, худощавого телосложения или, напротив, тем, кто работал с клиньями — плотником, кузнецом или сапожником (в сапожном деле клинья использовали для колодок). Суффикс «-ин» в финале указывает на принадлежность: «сын Клинюши». Таким образом, Клинюшин — это «чей?» — потомок Клинюши.

Есть и другая, менее вероятная, но лингвистически возможная версия. В северных и вятских говорах слово «клинюга» означало косого человека или того, кто «клинит» — упрямится. Если допустить, что прозвище Клинюша возникло от «клинюга» с уменьшительным оттенком, то фамилия несёт в себе характеристику характера: упрямый, несговорчивый. Однако первый вариант — от ремесла или внешности — правдоподобнее, так как прозвища по физическим признакам встречаются в русской ономастике значительно чаще, чем по абстрактным чертам.

В отличие от массовых фамилий на «-ов/-ев», Клинюшин — продукт северного или северо-восточного ареала. Модель «-юш-» + «-ин» характерна для Архангельской, Вологодской и Пермской губерний, где некалендарные имена дольше держались в быту. Географически фамилия редкая: встречается в основном в Кировской области и на Урале, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение от переселенцев, занимавшихся плотницким делом.

Сравните с однокоренными: Клинков, Клинов — те образованы от готового слова «клин», а Клинюшин — от личного имени, что делает её более древней по модели. Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, вероятно, были государственными крестьянами или мастеровыми людьми, у которых прозвище закреплялось в документах при переписях XVIII—XIX веков.