Фамилия Клинихин образована от прозвища Клиниха. В его основе лежит слово «клин» — многозначное, но в данном случае, скорее всего, связанное с земледелием. Клином называли участок поля, засеянный одной культурой, или лесную делянку. Поэтому прозвище Клиниха могло указывать на крестьянина, владевшего таким наделом, или на работника, следившего за делянками — например, лесничего. Однако у слова «клин» было и другое, ремесленное значение: так называли отрез ткани, деталь кроя. Отсюда вторая версия: прозвище Клиниха мог получить портной или торговец одеждой.

Фамилия построена по продуктивной русской модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Клиниха). То есть Клинихин — это буквально «сын Клинихи». Интересно, что прозвище стоит в форме женского рода (Клиниха, а не Клин), что не редкость для северных и центральных областей России, где такие «материнские» прозвища давали детям, особенно если женщина играла ведущую роль в хозяйстве.

Географически фамилия редкая. Её очаги, по данным современных поисков, тяготеют к Волго-Вятскому региону и Пермскому краю — территориям, где активно бытовал диалектный говор и закрепились формы на -иха. Других однокоренных фамилий, например Клинов или Клинников, гораздо больше, что делает Клинихина уникальным маркером именно прозвищного происхождения с региональным оттенком.