Фамилия Клипиков образована от прозвища или нецерковного имени Клипик. В основе лежит слово «клип» или «клипа», которое в русских говорах имело несколько значений. В первую очередь, «клипой» называли деревянную колодку, которую надевали на ногу преступнику, а также кандалы или оковы вообще. Отсюда — прозвище Клипа могли дать человеку с тяжёлой походкой, неуклюжему или, напротив, тому, кто имел дело с изготовлением таких колодок, то есть кузнецу или плотнику. В некоторых диалектах «клипа» означала также занозу или щепку, что могло указывать на худощавого, «занозистого» по характеру человека.

Суффикс -ик в основе Клипик — уменьшительный, типичный для прозвищ и неофициальных имён в Древней Руси. Сравните: Козлик, Петрик, Кузмик. Окончание -ов стандартно для русских фамилий, означающих принадлежность: «сын Клипика». Таким образом, Клипиков — сын человека по прозвищу Клипик.

Фамилия редкая и имеет локальный характер. По данным переписей и метрических книг, основное гнездо Клипиковых — северные и центральные губернии России, особенно Вологодская и Архангельская области, где были сильны архаичные прозвищные традиции. Встречается также вариант Клипиков в Тверской и Псковской губерниях, что может указывать на независимое образование фамилии в разных регионах.

Важно не путать Клипикова с фамилией Клепиков — та происходит от слова «клепик» (ножик, закройный инструмент) и имеет совсем другую географию распространения. Клипиков — редкий случай, когда фамилия сохранила исходное прозвище почти без изменений, не перейдя в более привычную форму на -ин. Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и не воспринималось как «материнское» по происхождению.