Фамилия Клитеник — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности и не поддаётся однозначному толкованию. На первый взгляд, она напоминает профессиональные прозвища на -ник: плотник, кожевник, сапожник. Но что такое «клит»? Скорее всего, перед нами не русская, а украинская или белорусская фамилия, где суффикс -ен-/-енк- (в усечённой форме -ен-) указывает на происхождение от личного имени или прозвища. Клитеник — это «сын или потомок Клита» (или Кліта), а само имя могло быть вариантом греческого Кліт (от κλειτός — «знаменитый, славный») или просторечной формой крестильного Клемент (в народе — Клим, Клёмка, Кліт).

Вторая, более бытовая версия — связь с диалектным словом «кліт» (укр., бел.) — клеть, чулан, амбар. Тогда Клитеник — человек, живший при клети, стороживший её или, что вероятнее, мастер по строительству клетей (клетник). В украинских говорах «клітник» — это и сторож в амбаре, и тот, кто делает клетки для птиц и зверей. Однако в фамилии стоит не -ник, а -еник, что возвращает нас к патронимической модели: не «клетник», а «Клит-ен-ик» (чей? — Клитов). Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Клитéник.

География фамилии узкая. Клитеники встречаются в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина, Житомирщина) и на юго-востоке Польши (историческая Холмщина). В России фамилия единична, чаще всего — результат миграции из этих земель в XX веке. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как Клітеник, Клетеник или Клитенник — путаница с одной или двумя «н» обычна для живой речи.

Сословная принадлежность не прослеживается: носители фамилии были и крестьянами, и мещанами. Дворянских родов Клитеников нет, что подтверждает её простонародное происхождение. Спорных версий немного: иногда пытаются вывести фамилию от литовского klīt (бродить, скитаться) или немецкого Glied (член, сустав), но эти гипотезы слабы — нет ни исторических контактов, ни языковой логики. Самое правдоподобное: украинский вариант греческого имени или, что проще, прозвище по занятию, связанному с клетью.