Фамилия Клитин образована от прозвища Клита. Возможно, оно имеет украинские корни и происходит от слова «клитина» — «клетка». Прозвище, с одной стороны, могло указывать на особенности характера человека (замкнутость, необщительность и т.п.), с другой стороны, оно может относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность предка. Согласно другой версии, фамилия ведет свое начало от греческого имени Клит. Так в древнегреческой мифологии звали юношу, в которого была влюблена Эос, богиня зари, и которого она позже похитила. Кроме того, имя Клит носил военачальник и личный друг Александра Великого. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клита, со временем получил фамилию Клитин.