Фамилия Клочихиина — редкий случай, когда на письме сохранилась двойная «и», выдающая способ образования. Перед нами не просто фамилия на -ин, а фамилия, образованная от женского прозвища или имени с суффиксом -их(а) через добавление притяжательного суффикса -ин. То есть сначала было прозвище Клочиха, затем от него образовали фамилию Клочихин, а форма Клочихиина — это вариант с утроенной основой: корень «клоч-», суффикс «-их-», суффикс «-ин-» и окончание «-а». Двойное «и» на стыке суффиксов — не ошибка, а архаичное написание, которое в других фамилиях (например, Голицын) давно упростили. В современных документах чаще встречается вариант Клочихина, но исходная форма Клочихиина лучше сохраняет историю слова.

Основа фамилии — «клоч» или «клочок». В русских говорах «клоч» могло означать клок шерсти, пучок сена, а также неопрятного, взлохмаченного человека. Слово «клочиха» — это женщина, которая ходит растрепанной, с торчащими клочьями волос, или женщина сварливая, вздорная (от «клочить» — драть, ерошить, ссориться). В ономастике известен принцип: прозвища на -иха часто давали женщинам по их поведению или внешности, и такие прозвища закреплялись за всей семьей. В северных и сибирских говорах «клочиха» могла быть и прозвищем вдовы, которая «клочит» — работает не покладая рук, но чаще это именно бытовая характеристика.

С точки зрения географии, фамилии с суффиксом -их(а) особенно характерны для северных русских земель — Архангельской, Вологодской, Вятской губерний, откуда они потом распространились в Сибирь. В этих регионах прозвища на -иха (Клочиха, Кузнечиха, Попадиха) были обычным способом назвать женщину по мужу или по ее собственному занятию. Поэтому предки носителя фамилии Клочихиина, скорее всего, жили на Русском Севере или в Приуралье, и фамилия закрепилась уже в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам старших в семье.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что от той же основы пошли Клочков, Клочев, Клочихин. Но Клочихиина стоит особняком: это не вариант «сын Клочихи», а скорее «жена Клочихина» или «дочь Клочихина» — то есть фамилия могла первоначально принадлежать женщине, а потом закрепиться за потомками в женской форме. В крестьянской среде XIX века такое встречалось редко, но в мещанских и купеческих семьях женский вариант фамилии мог фиксироваться в метриках. Вероятно, в основе лежит прозвище Клочиха, которое дали женщине-родоначальнице, и от него образовали сначала Клочихин, а затем — уже по женской линии — Клочихиина.

Словообразовательная модель проста, но необычна: двойное «и» — это след, по которому можно восстановить цепочку: Клочиха → Клочихин → Клочихиина. Такое написание — не ошибка, а редкий артефакт русской фамильной системы, сохранившийся в паспортах и метриках отдельных семей.