Фамилия Клынин, скорее всего, образована от аналогичного прозвища, которое восходит к слову "клыня" (в украинском написании "клиння"). Это украинское слово переводится как «клин». Клином в старину называли часть поля, полосу, засеянную одним видом хлеба, или же земельный надел, лесную полосу или участок болота, заросший лесом. Вероятно, основатель рода Клыниных жил близ клина или на клину.