Фамилия Клынин — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается украинский или южнорусский корень. Вопреки первому впечатлению, её основа не «клык», а украинское слово «клыня» (в написании «клиння»), что значит «клин». В старину клином называли не только геометрическую фигуру, но и конкретные участки земли: полосу, засеянную одной культурой, лесную просеку или надел среди болот. Человек, живший на таком клину или возле него, получал прозвище Клыня, а его потомки — фамилию Клынины.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Клынин, то есть сын или потомок Клыни. Такая модель характерна для прозвищ, а не для крестильных имён — в православных святцах имени Клыня нет. Значит, предок носителя фамилии получил своё прозвание по месту жительства или по роду занятий, связанному с землёй.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам: её следы чаще встречаются в бывших южнорусских и малороссийских губерниях, где слово «клыня» было в ходу. Говорить о каком-то одном сословии сложно — прозвище по земельному участку мог получить и крестьянин, и казак, и даже мелкий землевладелец.

Интересная деталь: если бы основа звучала как «Клык», фамилия писалась бы через -ов (Клыков). Суффикс -ин здесь не случаен — он подтверждает, что исходное слово заканчивалось на -а, то есть «Клыня». Это тонкий, но надёжный лингвистический маркер, который сразу отличает Клыниных от однокоренных фамилий вроде Клыков или Клычков.