Фамилия Клынина образована от прозвища Клыня. Это украинское слово переводится как «клин» и означает «часть поля, полоса, засеянная однородным хлебом». Скорее всего, предок обладателя данной фамилии занимался земледелием. Следует отметить, что клином также называли «вставку между полотнищами одежды». Следовательно, Клыней могли прозвать портного или продавца одежды. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клыня, со временем получил фамилию Клынина.