Фамилия Клынин (в женском роде — Клынина) образована от личного прозвища и относится к распространённому типу русских фамилий. Её основа, скорее всего, восходит к украинскому слову «клиння» (в русском написании — «клыня»), что означает «клин». В старину клином называли не просто геометрическую фигуру, а конкретный земельный участок: часть поля, засеянную одной культурой, полосу леса или болота, заросшего деревьями. Прозвище Клынин могли дать человеку, который жил на таком «клину» или владел им.

Обратите внимание на суффикс -ин. В русской ономастике он указывает на принадлежность: «чей?» — Клынин, то есть сын или потомок Клыни. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Если бы основа звучала иначе, скажем, «Клын», фамилия имела бы суффикс -ов (Клынов). Разница в одной букве меняет всю словообразовательную историю.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где слово «клыня» было в ходу. В центральных и северных областях России чаще употребляли «клин» без смягчения, отсюда и фамилия Клинов встречается гораздо чаще. Клынины — более редкий вариант, сохранивший диалектную или региональную черту в произношении.

В дореволюционных переписях и метрических книгах фамилия встречается эпизодически, в основном среди крестьян и однодворцев. Точное место и время её возникновения сейчас установить трудно: процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл несколько столетий, и письменные источники фиксируют лишь поздние варианты. Однако сама форма — с суффиксом -ин и украинским корнем — надёжно указывает на среду бытования: южнорусское или малороссийское село, где земельные наделы называли клиньями, а соседи быстро запоминали человека по его адресу-прозвищу.