Фамилия Клышната — редкая и необычная, и её происхождение вызывает споры. В первую очередь она привлекает внимание окончанием «-ата», которое нехарактерно для стандартных русских фамилий. Эта модель образования — суффикс «-ат-» с окончанием «-а» — типична для украинских и белорусских фамилий, где она часто указывала на прозвище с оттенком обладания каким-либо качеством или предметом. Сравните: Лобатый (большелобый), Горбатый, Носатый. Таким образом, Клышната — это украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища «Клышнатый», то есть «обладающий клышнами».

Что же такое «клышны»? Здесь возможны два основных толкования. Первое и самое прямое — это форма слова «клык», «клыки». В украинских и южнорусских говорах «клышна» или «клышня» могла означать выдающийся, крупный зуб или клык. Тогда прозвище Клышнатый давали человеку с заметными, выступающими зубами. Второй вариант — более редкий и спорный: «клышна» могла быть диалектным названием для какой-то детали одежды или обуви, например, для кожаного клапана или отворота, но это значение почти не сохранилось в источниках.

Словообразовательная цепочка выглядит так: основа «клышн-» (от «клык» с суффиксом «-шн-», возможно, для усиления или искажения) плюс суффикс «-ат-» (обладатель признака). Фамилия закрепилась без дополнительного патронимического суффикса (-ов, -ин), что характерно для прозвищных фамилий на юго-западе. Географически фамилия Клышната встречается в основном в Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также в приграничных регионах России. Встречается она крайне редко, что делает её уникальной и легко идентифицируемой.

Версия о происхождении от слова «клык» — самая правдоподобная, так как она опирается на живую диалектную лексику и типичную для региона модель образования фамилий. Никаких других достоверных этимологий (например, от тюркских корней или от имени Клыш) не существует — это домыслы. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, получил прозвище за внешнюю особенность — заметные зубы, и прозвище это закрепилось за его потомками на территории современной Украины.