Фамилия Клюгановы образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Клюгана. В основе фамилии лежит личное прозвище или нецерковное имя Клюган. Вероятнее всего, оно восходит к диалектному глаголу «клюгать» — в южнорусских и украинских говорах это слово означало «клевать», «долбить», а также «придираться», «ворчать». Прозвище Клюган могли дать человеку с характерными манерами: кто-то постоянно «клевал» носом, то есть клевал, или же был занудливым, въедливым в спорах.

Менее распространённая версия связывает основу с «клюгой» — старинным названием клюки, посоха или изогнутой палки. В этом случае Клюганом могли прозвать человека, который ходил с клюкой, либо мастера, делавшего такие посохи. Прямых указаний на географию бытования фамилии в открытых источниках мало, но суффикс -ов и южнорусский диалектный след указывают на возможное происхождение из чернозёмных областей России или с территории современной Украины.

Фамилия Клюганов — самобытный памятник славянской культуры. Именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Безусловно, представитель фамилии Клюганов может по праву гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении предка. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Клюганов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.