Фамилия Клюковский происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Скорее всего, фамилия Клюковский происходит от прозвища Клюковский, в основе которого лежит топоним Клюково: так называется сельская гмина (волость) в Польше (польск. Gmina Klukowo), которая входит в Высокомазовецкий повят, Подляское воеводство. Существует также гипотеза, что Клюковским могли прозвать человека с клюкой, то есть палкой, тростью с загибом. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Клюковских был путником, странником или же прихрамывал при ходьбе. В истории известен польский дворянский род Клюковских (Klukowski) герба Ясенчик. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Клюковский, со временем получил фамилию Клюковский. О точном месте и времени возникновения фамилии Клюковский в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Клюковский представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.