Фамилия Кобеняк ведет происхождение от прозвища, которое давали по внешности или характеру. В её основе — диалектное слово «кобеняк». В одном из значений так называли капюшон или мешок. Отсюда первая версия: прозвище мог получить человек неповоротливый, неуклюжий либо тот, кто постоянно носил мешковатую одежду с капюшоном. Такие прозвища по предметам одежды — не редкость в русской ономастике, хотя обычно они указывают на профессию портного или торговца, а здесь скорее на внешний облик.

У слова «кобеняк» есть и другое, переносное значение — «упорный, упрямый, неуступчивый человек». В этом случае прозвище отражало не внешность, а характер предка. Какая из версий вернее, сказать трудно: обе правдоподобны и могли сосуществовать в разных говорах.

Сама фамилия образована по распространённой модели: прозвище на -як без дополнительного суффикса перешло в фамилию. Такая модель типична для украинских и южнорусских фамилий (ср. Гончаренко, Шевченко), где -як — не суффикс, а часть основы. В северных и центральных русских говорах чаще встречались бы формы Кобеняков или Кобенякин, но вариант Кобеняк остался без изменений, что указывает на возможное украинское или западнорусское происхождение носителей.

География фамилии узкая: большинство Кобеняков встречается в западных областях России и на Украине. В сословном отношении это, скорее всего, крестьянская или казачья фамилия — дворянские роды с таким окончанием редки. Точных данных о первых носителях нет, но прозвище явно бытовое, не книжное, что говорит о его народном происхождении.