Фамилия Кобернигер — редкий случай, когда в русском ономастиконе встречается немецкая сложная фамилия, почти не изменившая форму. Её основа — два корня, соединённые в одно слово. Первая часть, «Кобер», может восходить к немецкому «Kober» — корзина или заплечный короб. Вторая часть, «Нигер», происходит от «Niger» — так в немецких диалектах называли негра или чернокожего, но в фамилиях это часто было прозвище по цвету волос или кожи (смуглый, чернявый). Таким образом, Кобернигер дословно означает «чернокожий корзинщик» или, что правдоподобнее, «корзинщик по прозвищу Чёрный».

Фамилия сложилась по типичной немецкой модели: два существительных срастаются в одно, а суффикс -er указывает на профессию или деятеля. То есть перед нами не просто прозвище, а профессиональное прозвище — человека, который плёл корзины и при этом был темноволосым или смуглым. В немецких землях такие составные фамилии (Berufsübername) встречались часто, но в России они остались единичными, обычно у потомков колонистов, переселившихся в XVIII–XIX веках по приглашению Екатерины II.

В России фамилия Кобернигер почти не встречается за пределами потомков немецких поселенцев Поволжья. В архивах Саратовской и Самарской губерний можно найти записи о колонистах с такой фамилией. Со временем, в ходе русификации, написание могло колебаться: Кобернигер, Коберникер, Кобернегер. Но основной вариант сохранил исходную немецкую орфографию, что редкость — большинство немецких фамилий в России адаптировали под русскую фонетику (например, Шмидт становился Шмитом).

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет ни русского суффикса -ов/-ев, ни окончания -ин. Это говорит о том, что она вошла в русский обиход уже готовой, без переоформления. Для этимолога Кобернигер — ценный пример того, как профессиональное прозвище из южнонемецких диалектов закрепилось в качестве фамилии у переселенцев и дошло до наших дней почти без изменений.