Фамилия Кочусов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного суффикса принадлежности -ов со значением «сын такого-то» (как в фамилиях Иванов или Петров). Скорее всего, -ов здесь — более поздний, «окающий» вариант суффикса -ев, который присоединили к основе, звучавшей как Кочус или Кочусь. Сама основа, вероятно, восходит к прозвищу или имени, образованному от глагола «кочевать» или существительного «кочевник». В диалектах русского языка «кочус» или «кочусь» могли называть человека, ведущего подвижный образ жизни, не имеющего постоянного жилья, бродягу или просто непоседу. В некоторых говорах слово «коч» означало шатёр или временное жильё, так что прозвище могло закрепиться за тем, кто жил в таких условиях.

Вторая, менее очевидная, но вполне правдоподобная версия — связь с тюркскими языками. Корень «коч» по-тюркски означает «переселение», «кочевье», а суффикс -ус мог быть частью личного имени или прозвища. В таком случае Кочусов — это русифицированная форма тюркской фамилии или отчества. В пользу этой гипотезы говорит и география бытования: фамилия Кочусов встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками шло смешение славянских и тюркских народов.

Третий, более прозаичный вариант — искажённое написание фамилии Кочусов вместо Кочесов или Кочеусов, где основа связана со словом «коче» (вид морского судна у поморов) или с именем Кочева (гипокористика от Кочегар, Кочедык). Однако из-за редкости фамилии и отсутствия массовых записей в дореволюционных метриках проследить точную цепочку сложно. Скорее всего, предки Кочусовых были либо крестьянами-переселенцами, либо людьми, получившими прозвище за свой характер или род занятий, связанный с частой сменой места жительства.