Фамилия Кокишев ведет начало от топонима, то есть указывает на местность, в которой некогда проживал основатель рода. Оно может брать начало от гидронима Кокиш. Так называется река, протекающая в Республике Башкортостан, Пермском крае, Республике Татарстан. Так могли назвать выходца с берегов реки Кокиш. Возможно также, что фамилия Кокишев происходит от имени Кокиш. Оно, скорее всего, является сочетанием двух древнетюркских основ «кук» - «небеса, голубой» и «иш» - «товарищ, друг». Не исключено также, что фамилия Кокишев образована от прозвища Кокиш. Оно восходит к нарицательному «кокиш» - «крайний суставчик птичьего крыла; первые правильные перья гусиного крыла, для письма». Можно предположить, что прозвище Кокиш носил тот, кто изготавливал писчие перья. Так, например, в Книге памяти Нижегородской области упоминается Александр Васильевич Кокишев, родившийся в 1891 году в деревне Вершилово Чкаловского района. В документах Алматы содержится информация о Сагибае Кокишеве, родившемся в 1896 году.