Фамилия Коклюнов звучит почти как каламбур, но её происхождение куда прозаичнее, чем может показаться. В основе лежит слово «коклюн» — так в некоторых говорах называли человека, который коклюет, то есть кашляет, кряхтит или говорит невнятно. Это прозвище, данное по характерной физической особенности: хриплый голос, привычка покашливать или неразборчивая речь. В XIX веке в народе «коклюном» могли назвать и того, кто постоянно жалуется, ноет — от того же звукоподражательного корня «кок-», передающего горловой звук.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Коклюн» добавили притяжательный суффикс «-ов», означающий «сын Коклюна» или «из семьи Коклюна». Суффикс указывает на то, что фамилия сложилась в центральных и северных губерниях России, где эта модель была господствующей. Если бы фамилия возникла в южнорусских или украинских землях, она, скорее всего, получила бы окончание «-енко» — Коклюненко.

Встречается фамилия редко, и это не случайно. Слово «коклюн» не вошло в литературный язык, осталось в диалектах, в основном в архангельских и вологодских говорах. Поэтому географически Коклюновы, вероятнее всего, происходят именно из Русского Севера или Верхнего Поволжья — регионов, где сохранялась архаичная лексика. Никакой связи с коклюшками для кружевоплетения здесь нет: это случайное звуковое совпадение, которое вводит в заблуждение.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается — она не входит в число распространённых или знатных. Но именно такие редкие прозвищные фамилии ценны для историка: они сохранили живую народную речь, почти исчезнувшую из обихода. Носитель фамилии Коклюнов может с большой вероятностью считать своими предками крестьян или ремесленников из северных деревень, где прозвище приклеилось к человеку с хрипотцой в голосе.