Фамилия Коклюнова — женская форма фамилии Коклюнов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Коклюн. В основе лежит слово «коклюха» или «коклюшка» — так в русских говорах называли деревянную палочку, на которую наматывают нитки для плетения кружев. Прозвище Коклюн могли дать человеку, который занимался кружевным промыслом — либо самому мастеру-плетею, либо, что реже, торговцу кружевами.

Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых диалектах «коклюн» означало задиру, драчуна или того, кто «коклюется» — ссорится, задирается. Но здесь важно, что суффикс «-ун» в русских прозвищах часто указывал на деятеля по характерному действию или занятию: бегун, крикун, плясун. Коклюн в этом ряду — тот, кто коклюет, то есть плетёт кружева, а не дерётся. Поэтому ремесленная версия убедительнее.

С точки зрения словообразования, фамилия Коклюнов (и Коклюнова) — типичная патронимическая модель на «-ов», самая массовая для русских фамилий, образованных от прозвищ на твёрдый согласный. Суффикс «-ун» в основе — нечастый, что делает фамилию заметной среди соседних по словарю, таких как Кокорев или Кокшаров, где корни уже другие.

Географически фамилия привязана к северным и центральным губерниям России — Вологодской, Архангельской, Костромской, где кружевной промысел был особенно развит. Вологодское кружево — бренд, и мастера-кружевники составляли целые династии. Коклюновы могли быть как раз из такой среды: не дворяне, не крестьяне-землепашцы, а ремесленники, чей труд кормил семью.

В дореволюционных источниках фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Она не попала в списки знатных родов, не получила широкого распространения через переселения. По сути, Коклюнова — фамилия, которая прямо говорит о профессии предка, и эта прозрачность сохранилась до наших дней, несмотря на то, что сам промысел ушёл в прошлое.