Фамилия Колчерин — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или характером. Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я: Колчеря → Колчерин (буквально «сын Колчери» или «человек из семьи Колчери»). Сам корень «колчер» в русских говорах не встречается, но в украинском и южнорусских диалектах есть слово «колчерявий» — курчавый, кучерявый. Если предположить, что исходное прозвище звучало как Колчеря, то это мог быть человек с сильно вьющимися волосами. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия с таким же корнем — Колчерин — встречается в старых переписных книгах южных уездов России, где диалектные черты сохранялись дольше.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза связывает фамилию с названием профессии. В некоторых говорах «колчер» могли называть мастера, который делал колчаны — кожаные чехлы для стрел. Но слово «колчан» имеет тюркское происхождение, и его производные (Колчанов, Колчак) гораздо распространеннее. Версия с колчаном выглядит натянутой: для образования фамилии от «колчан» логичнее было бы использовать суффикс -ов, а не -ин.

Что интересно, фамилия Колчерин не попала в основные дворянские родословные и не отмечена в крупных ономастических словарях — это говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Скорее всего, носители фамилии жили в южнорусских или украинских губерниях, где курчавость волос была заметной чертой и легко становилась прозвищем. Сегодня фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в восточных областях Украины.