Фамилия Колеганов чаще всего встречается в Поволжье, особенно в мордовской среде. По самой вероятной версии, её основа — мужское имя Колеган, местная разговорная форма канонического имени Николай (в переводе с древнегреческого — «победитель народов»). Такая модель образования типична: к имени отца добавляли суффикс -ов, обозначая принадлежность к роду (чей? — Колеганов сын).

Есть и другие объяснения. Имя Колеган могло быть мирским, то есть нецерковным. В Вологодской губернии слово «коляга» означало «слякоть, мокрый снег» — так могли назвать ребёнка, рождённого в непогоду. У пермяков «коляга» — диалектное название брюквы, гибрида репы и капусты. Давая такое имя, родители могли надеяться, что природные качества растения перейдут к ребёнку.

Не исключено и финно-угорское происхождение: от слова «кальог» в языке коми, что значит «болтливый». В этом случае прозвище Колеган получил разговорчивый человек или интересный собеседник. Из-за нескольких правдоподобных версий точно сказать, какая из них верна для конкретной ветви рода, невозможно — каждая имеет право на существование.