Фамилия Колениченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России как основной способ передачи родства: Колениченко — сын Коленика.

В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Коленик. Его происхождение, скорее всего, связано с украинским словом «колiно» (колено). В народной речи это слово имело несколько значений, которые могли стать прозвищем. Первое — «изгиб, поворот»: так могли назвать человека, жившего на излучине реки или у крутого поворота дороги. Второе — «поколение, род»: прозвище Коленик мог получить тот, кто хорошо помнил свою родословную, «колена», или был старшим в роду. Третье, менее вероятное, — ироничное прозвище высокого или, наоборот, низкорослого человека, отсылающее к длине ног.

Менее убедительна версия о связи с польским словом «kolejnik» (колейник, железнодорожник) или с тюркским «кол» (рука) — для украинской антропонимии это нетипично. В украинских реестрах казаков и мещан XVII–XVIII веков встречаются отдельные носители прозвища Коленик, но массово фамилия Колениченко фиксируется в переписях XIX века в Полтавской, Харьковской и Черниговской губерниях.

Таким образом, предок современных Колениченко был прозван Колеником — либо по месту жительства (у колена реки), либо по семейной роли (как хранитель родословной). Его дети и внуки стали Колениченками, и фамилия закрепилась как родовая. В русской среде фамилия могла адаптироваться через написание с «о» (Колениченко) без аканья, сохранив исходный украинский облик.