Фамилия Колли — редкий случай в русском ономастиконе, где иноязычная основа не была русифицирована типичными суффиксами. Вопреки интуиции, её не стоит торопиться связывать с породой собак колли. В русской среде эта фамилия, скорее всего, шотландского или ирландского происхождения и попала в Россию через обрусевших иностранцев, либо представляет собой транслитерацию фамилии Collie, MacColl или O'Coileain.

Если разбирать словообразовательную модель, то в русском языке фамилия Колли стоит особняком. Она сохранила «голое» окончание на -и, которое не свойственно исконным русским фамилиям (кроме редких случаев вроде Гоголь или, с натяжкой, фамилий на -их/-ых). Это прямой признак позднего заимствования. Владельцы такой фамилии в Российской империи — почти наверняка потомки выходцев из Британии или Ирландии: военных специалистов, инженеров, купцов или моряков, приглашённых при Петре I или Екатерине II.

Вероятнее всего, исходная фамилия Collie (шотл. — «угрюмый парень» или «тёмный, как уголь») или ирландская O'Coileain («потомок молодого воина»). Вторая версия выглядит правдоподобнее с точки зрения антропонимики: в Ирландии фамилии на O' массово теряли приставку при эмиграции, и O'Coileain превращалось просто в Collins или Collie. В русской записи «Колли» закрепилась, скорее всего, из-за произношения: английское Collie звучит именно как «Ко́лли» с ударением на первый слог.

География фамилии в дореволюционной России узкая. Чаще всего носители встречались в Санкт-Петербурге, Одессе и портовых городах — там, где селились британские колонии. Встречаются единичные случаи среди обрусевших немцев, но это исключение: немецкая фамилия Kolli писалась бы через «о» и имела бы другое ударение.

Что касается социального контекста: фамилия Колли не крестьянская и не мещанская в классическом русском понимании. Её носители — потомки иностранных специалистов, которые могли быть как инженерами на заводах, так и владельцами торговых домов. В советское время фамилия стала редкой, но не исчезла: потомки тех самых «русских шотландцев» остались в стране, и сегодня это скорее знак необычной семейной истории, чем указание на профессию или прозвище предка.