Фамилия Кольмина — женская форма фамилии Кольмин, а та, скорее всего, образована от прозвища или мирского имени Кольма. Это редкий случай, когда основа не очевидна на первый взгляд, и здесь стоит разобраться с корнем.

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «кольма», которое в некоторых русских говорах означало «колдобина, ухаб, яма». В таком случае прозвище Кольма могли дать человеку, жившему в низине, у оврага, или же тому, кто постоянно жаловался на «ухабистую» жизнь, то есть был невезучим. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кольмы, дочь Кольмы. Фамилия закрепилась за потомками этого человека.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от гидронима (названия реки) Кольма. Такая речка существует, например, в бассейне Камы. Переселенцы с берегов этой реки могли получить фамилию по месту прежнего жительства. В этом случае Кольмины — это «речные люди», выходцы с Кольмы.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, в частности в Вологодской и Кировской областях. Это подтверждает связь с северными говорами, где слово «кольма» было в ходу.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Кольм- плюс типичный русский суффикс -ин. Она не относится к дворянским или книжным — скорее, к крестьянским или мещанским, что типично для фамилий, образованных от прозвищ по месту или качеству.