Фамилия Кольнеус — редкий пример, когда прозвище ушло из родного языка, а фамилия осталась. С первого взгляда она кажется немецкой или финской, но её корень — русский, а окончание — искусственное, латинизированное. Такие фамилии в XVII–XIX веках получали выпускники духовных семинарий: им меняли «мужицкие» прозвища на что-то звучное, книжное, похожее на фамилии западных учёных.

Основа «Кольне-» восходит к глаголу «кольнуть» или существительному «кол». В русских говорах «кольня» — это колючка, заноза, а «кольнеус» могло означать человека колкого, язвительного или просто худого, острого, как кол. В семинарской среде это переделали в форму на -ус, по образцу латинских прилагательных. Так, грубоватое прозвище Колючка или Колкий превратилось в фамилию, которая звучала почти по-учёному.

Версия о немецком происхождении (от Kohl — капуста, или Kohle — уголь) маловероятна: суффикс -еус нехарактерен для немецких фамилий, а вот для русских семинарских — вполне. Сравните с фамилиями Сперанский (от spero — надеюсь), Бенедиктов или даже Кольцов, где корень тот же, но оформление другое.

Географически Кольнеус встречается в основном на западе России и в Беларуси — там, где в XIX веке были православные семинарии, активно дававшие такие «латинизированные» фамилии. Социально это указывает на предка из духовного сословия: скорее всего, дьячка, пономаря или священника, чьё мирское прозвище решили облагородить при поступлении в училище.

Таким образом, Кольнеус — не дворянская и не крестьянская фамилия, а искусственная, семинарская, сохранившая память о живом русском слове в латинской обёртке.