Фамилия Кальнеус — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию, сохранив латинское окончание. Её основа — латинское слово calneus, которое в средневековой учёной среде означало «костяной нож» или «костяной резец». Вряд ли это прямое указание на профессию: скорее всего, так могли прозвать человека за остроту языка, резкость суждений или, наоборот, за худобу и угловатость — «костлявый, как нож».

Фамилия не славянская по происхождению, а скорее польская или белорусская, но с сильным влиянием латыни, характерным для духовенства и профессуры Речи Посполитой. В XVII–XVIII веках латинизированные фамилии на -eus (типа Кальнеус, Беневоленский, Сперанский) часто давали семинаристам или детям священников при поступлении в учебные заведения. Исходная фамилия могла быть Кальня, Кальный или Кальнев, а в духовной среде её переделали на учёный лад — Кальнеус.

Встречается фамилия крайне редко. Основной ареал — западные регионы бывшей Российской империи: современные Польша, Литва, Западная Беларусь. В России носители единичны, чаще всего это потомки выходцев из униатского или католического духовенства. Сословно — почти исключительно мещане или разночинцы, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: в польских метриках XVIII века встречается вариант написания Kalneus, а в русских документах XIX века — Кальнеусъ с твёрдым знаком на конце. Это указывает на то, что фамилия долго не русифицировалась, сохраняя латинскую форму даже в бытовых записях. Сегодня её носители — редкость, и каждый случай требует отдельного генеалогического поиска.