Фамилия Калнаус — редкий пример фамилии, которая не вписывается в привычные славянские модели на -ов, -ин или -ский. Её основа указывает на немецкое или, шире, западноевропейское происхождение, но с характерной переделкой на русской почве.

Скорее всего, в основе лежит немецкое слово Kalnaus, которое является вариантом фамилии Kalnau. В свою очередь, Kalnau восходит к балтийскому (латышскому или литовскому) корню kalns — «гора». В таком случае Калнаус — это фамилия, указывающая на географический признак: «живущий у горы» или «горец». Немецкое окончание -aus (-au) часто обозначало местность, луг или поселение у воды, но здесь, вероятно, произошло смешение: балтийский корень получил немецкую фамильную «приставку» или оформился под влиянием немецких переселенцев.

Словообразовательная модель проста: фамилия не имеет русского суффикса, она застыла в той форме, в какой была записана в документах. Это характерно для фамилий, которые принесли в Россию иностранцы — ремесленники, купцы или колонисты, особенно в XVIII–XIX веках. Немецкие фамилии на -aus нередко встречались среди прибалтийских немцев, которые служили в российской армии или работали на заводах.

Версия о происхождении от личного имени Калн (сокращение от Калина или Каллистрат) с добавлением -ус (как в фамилиях Гайдус, Бондус) менее вероятна: суффикс -ус в русских фамилиях встречается редко и обычно в украинской или белорусской среде, но там основа была бы другой.

Носители фамилии Калнаус в России и на Украине — это, как правило, потомки немецких колонистов или обрусевших прибалтийских немцев. Встречается фамилия в Волгоградской области, в Сибири (куда ссылали немцев в XX веке), а также в Одесской области, где были немецкие поселения. Сословно предки могли быть крестьянами-колонистами или ремесленниками, реже — мещанами.

Таким образом, фамилия Калнаус — это не славянское прозвище, а окаменевший след миграции: балтийский корень, немецкая фамильная форма и русская адаптация.