Фамилия Кальнаусов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Если отбросить суффикс -ов, который в русских фамилиях означает принадлежность («чей?»), остаётся основа Кальнаус. С ней и надо разбираться.

Скорее всего, перед нами фамилия из бывших польских или западнорусских земель, где ощущалось влияние польского языка. Основа Кальнаус легко раскладывается на две части: «кальн(ый)» (грязный) и «ус» (усы). Это прозвище — «грязные усы» или «усатый грязнуля» — давали человеку по заметной внешней черте. В польском языке слово «kał» означает «кал, грязь», а «wąs» — «ус». Сложенное прозвище звучало бы как Kałowąs или Kałnous, что при адаптации в русской среде и превратилось в Кальнаус. Версия логичная: прозвища по усам и бороде в восточнославянской и польской традиции были делом обычным (сравните Безбородко, Усачёв, Голованов).

Менее вероятна, но возможна связь с немецким диалектным словом. На юге России и в Поволжье жило много немецких колонистов. Фамилия могла возникнуть от немецкого «Kahl» (лысый) и «Haus» (дом) — «лысый дом» или «дом на пустыре». Но это уже натяжка: суффикс -ов с трудом цепляется к немецкой основе, а прозвище «Лысый дом» для человека звучит странно. Версия с польскими «грязными усами» и исторически, и лингвистически убедительнее.

По географии фамилия Кальнаусов встречается точечно: на Алтае, в Кемеровской области, есть следы в бывшей Черниговской губернии. Это подтверждает западнорусский или малороссийский след: оттуда в XVIII–XIX веках крестьяне переселялись в Сибирь, унося с собой редкие прозвища.

Словообразовательная модель проста: прозвище Кальнаус (сравнительное: Ус, Белоус, Кривоус) + типичный русский патронимический суффикс -ов. Первым носителем, вероятно, был человек с грязными усами — не обязательно неряха, а, например, пахарь или угольщик, чья работа оставляла следы на лице. Прозвище закрепилось за детьми, а затем и за всем родом.