Фамилия Колодонова — женская форма фамилии Колодонов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь классическая: основа на твёрдый согласный плюс суффикс -ов. Это указывает на принадлежность к роду: Колодонов — «сын Колодона» или «человек из семьи Колодона». Суффикс -ов типичен для центральных и южных регионов России, и именно там фамилия встречается чаще всего, хотя в целом она редкая.

Самая интересная часть — основа «Колодон». Сразу напрашивается связь со словом «колода». В русских говорах «колода» — это не только обрубок дерева, но и прозвище. Колодой могли назвать неповоротливого, грузного человека, либо того, кто работал с деревом — плотника, бондаря. Однако суффикс -он в основе «Колодон» нестандартен. Он может быть остатком древнего прозвища, которое звучало как «Колодон» — то есть «тот, кто делает колоды» или «похожий на колоду». Вероятнее всего, прозвище дали по характеру или внешности, а не по профессии, так как для ремесленных фамилий чаще использовали суффиксы -ник, -арь.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «колодон» могли называть человека, который живёт у колодца или роет колодцы. Но это предположение слабее: слово «колодон» в значении «колодезник» не зафиксировано в основных словарях русских говоров. Поэтому версия с прозвищем от «колоды» выглядит правдоподобнее.

Если смотреть на географию, фамилия Колодонов встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Кировской, Пермской, Нижегородской областях. Это регионы, где было развито плотницкое дело и где сохранились архаичные говоры. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией не известно.

Таким образом, Колодонова — фамилия, образованная от прозвища предка, которого за медлительность или за работу с деревом прозвали Колодоном. Она хранит в себе диалектное слово и указывает на корни в северо-восточной части России.