Фамилия Коломенкин — одна из тех, где за основой стоит не очевидное, а спорное слово. В её центре — прозвище Коломенка. Если разбирать по суффиксу, то -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Коломенкин, то есть сын или потомок Коломенки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий, оканчивающихся на -а.

Сам корень — «коломен-» — вызывает несколько версий, и ни одна не отменяет другую. Первая тянется к диалектному слову «коломень». В Рязанской губернии так называли околицу, околоток, соседство. Человек, получивший прозвище Коломенка, мог быть тем, кто живёт рядом с деревней, почти отшельником, или, наоборот, тем, кто со всеми соседями в ладу. В сибирских говорах у того же слова другое значение — «толпа народа у чего-то». Тогда прозвище могло указывать на род занятий: торговца или скомороха, который собирал вокруг себя людей.

Вторая версия — топонимическая. Река Коломенка протекает в Ступинском районе Московской области, на ней стоит город Коломна. Женщину, которая переселилась оттуда, могли прозвать Коломенкой. Но названия вроде Коломна, Коломенка, Коломино встречаются по всей Центральной и Северной России — от Оки до Волхова и Двины. Это наводит на мысль, что в основе лежит не просто название города, а какой-то древний термин. Одна из гипотез связывает его с литовским kalmyne — «заросли аира». Другая, более убедительная, указывает на финно-угорскую основу kalm, kolm — «смерть; могила» или на русское заимствование «коломя» из финских языков. В русских говорах известны слова «коломище» и «коломки» — так называли языческие курганные кладбища.

Какая из версий правдоподобнее? Скорее всего, та, что связывает корень с финно-угорским «kalm». География распространения названий (от Оки до севера) совпадает с зоной древнего финно-угорского населения, и термин «коломки» в значении «могильник» реально зафиксирован. Прозвище Коломенка в таком случае могло указывать на место жительства — рядом с древним кладбищем или курганом. В любом случае, потомок обладателя этого прозвища и получил фамилию Коломенкин.