Фамилия Колупаха — один из тех случаев, когда ключ к происхождению лежит не в словаре иностранных имён, а в диалектной лексике, в быту и характере человека. Основа здесь — глагол «колупать», то есть ковырять, отдирать что-то мелкое, чесать. В южнорусских и украинских говорах «колупаха» — это и человек, который постоянно копается, возится с мелочами, делает всё медленно и нудно, и просто непоседа. Прозвище могли дать мастеровому, который работал медленно, но тщательно, или же, наоборот, тому, кто любил «ковыряться в носу» — в прямом, бытовом смысле. Такие прозвища по поведению были обычным делом в среде крестьян и ремесленников.

Интересна словообразовательная модель. Фамилия не имеет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский). Она застыла в форме чистого прозвища, как Колода, Кривошея или Голова. Это указывает на то, что фамилия могла сложиться в среде, где прозвища передавались по наследству без изменений — чаще всего это были казачьи или крестьянские общины на юге России, на Украине или в Белоруссии. В официальных документах такую фамилию могли записать без переделки, что говорит о её относительно позднем закреплении (XVII–XVIII века).

Встречается фамилия и в форме Колупахин, где суффикс -ин уже «пришит» к той же основе по модели «чей?» — сын Колупахи. Оба варианта однокоренные, и первый (Колупаха) — более архаичный. Географически фамилия тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к Украине. В словаре Веселовского «Ономастикон» фамилия не фиксируется, что подтверждает её сугубо диалектный, недворянский характер.

Таким образом, предки носителя фамилии Колупаха с высокой вероятностью были крестьянами или казаками, получившими прозвище за манеру поведения — неспешную, дотошную или суетливую. Никакой тайны знатного рода здесь нет, но есть живая картинка из жизни: человек, который «колупается» — и это стало его родовым знаком.