Фамилия Колупахо — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не обрастая стандартными фамильными суффиксами. В русской ономастике такие фамилии называют «нетрансформированными»: слово, которое когда-то закрепилось за человеком как прозвище, просто перешло в разряд фамилий в исходной форме. Обычно это характерно для украинской и белорусской традиции, но встречается и в южнорусских говорах.

В основе фамилии — глагол «колупать». В диалектах это слово означает «ковырять, отдирать, расковыривать» (ср. «колупать ногтем», «колупать кору»). Прозвище Колупаха (а в безударном положении «а» и «о» на письме могли смешиваться) могли дать человеку по характерному поведению: например, тому, кто любил всё трогать, разбирать, «ковыряться» в мелочах. В некоторых говорах «колупа» — это ещё и медлительный, кропотливый человек, который делает всё неспешно, словно «ковыряется».

Версия о связи с ремеслом маловероятна: в лексике плотников, бондарей или сапожников «колупать» не было профессиональным термином. Скорее всего, прозвище носило бытовой, описательный характер и закрепилось за одним человеком, а затем перешло к его потомкам.

Географически фамилия тяготеет к украинским землям и югу России — Курской, Белгородской, Воронежской областям, где окончание на -о в фамилиях встречается часто. Встречаются варианты написания «Колупаха» и «Колупахо» — разница в основном орфографическая, так как в устной речи окончание редуцируется.

Социально фамилия недворянская: в старых ревизских сказках и метрических книгах Колупахо — это крестьяне, реже мещане. Из-за необычной формы фамилия не поддаётся склонению по правилам русской грамматики, что только подчёркивает её диалектное, народное происхождение.