Фамилия Колыхан — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. В центре — глагол «колыхать», но не в прямом значении «качать, колебать», а в переносном, бытовом. В старых говорах «колыхан» — это одновременно и тот, кто неуверен в себе, «колышется» при любом решении, и физически слабый, болезненный человек. Однако, если смотреть на социальный контекст, более убедительной выглядит версия профессионального прозвища.

Колыханом на Руси могли называть няньку, качающую колыбель, — работа эта считалась не престижной, но повсеместной. Другое значение, зафиксированное в диалектах, — работник, занятый веянием зерна: он «колышет» лопатой зерно, отделяя его от мякины. Оба занятия давали прозвище, которое затем закрепилось как фамилия без дополнительных суффиксов — по модели, характерной для украинской и южнорусской ономастики (сравните: Коваль, Ткач, Колыхан). Споров между версиями почти нет: слабый или больной человек получал такое прозвище реже, чем человек с очевидной, видимой работой.

Сама фамилия — нечастый случай прямого перехода прозвища в фамилию. В документах XVII–XVIII веков могли писать «Колыхан» без изменений, и только позднее, при переписях, часть носителей получила формы Колыханов или Колыхановский. Географически фамилия тяготеет к южным областям России и востоку Украины, где диалектное слово «колыхать» было особенно употребительно.