Фамилия Колыханов образована от прозвища Колыхан, а то, в свою очередь, восходит к глаголу «колыхать». Значение этого слова ключевое для понимания фамилии, но оно неоднозначно. Тут возможны два основных пути, и первый — охранительный. В древнерусской традиции существовал обычай давать ребёнку «плохое» имя-оберег, чтобы отвести от него зло. Колыханом могли назвать слабого, болезненного или просто неуверенного в себе младенца — считалось, что такая «негативная» характеристика обманет нечистую силу и ребёнок вырастет здоровым. Это одна из самых распространённых версий для фамилий с корнем, связанным с колебанием, шаткостью.

Однако есть и более приземлённый, бытовой вариант. «Колыхать» означало не только «качать», но и «веять» — очищать зерно от мякины и плевел, подбрасывая его на ветру. Соответственно, Колыханом могли прозвать работника, занятого на веялке, или, что интересно, няньку, которая качает (колышет) люльку. Таким образом, фамилия могла указывать на конкретный род занятий предка — либо сельскохозяйственный, либо связанный с уходом за детьми. Какой из вариантов ближе к истине, сказать сложно, но оба имеют под собой реальную языковую основу. Суффикс -ан в прозвище типичен для русской народной ономастики (ср. Болтун, Крикун) и придаёт слову оттенок характерного действия или свойства. Потомок человека по прозвищу Колыхан и получил фамилию на -ов, став Колыхановым.