Фамилия Колыханова образована от прозвища Колыхан, в основе которого лежит глагол «колыхать». Эта связь сразу подсказывает два возможных пути происхождения: либо прозвище описывало характер или внешность человека, либо указывало на его занятие.

В быту «колыхаться» означало двигаться медленно, с трудом или раскачиваясь. Поэтому Колыханом могли назвать человека неуверенного, вялого или физически слабого. Однако более убедительной выглядит версия об охранительном именовании. В древнерусской традиции родители намеренно давали ребёнку прозвище с «плохим» значением (Колыхан — «шаткий», «нетвёрдый»), чтобы отвести от него злые силы: считалось, что настоящее счастье и здоровье пройдут мимо такого имени.

Но есть и другая, сугубо профессиональная версия. Глагол «колыхать» в русских говорах имел отношение к веянию зерна — колыхать лопатой, подбрасывая его против ветра для очистки от мякины. Соответственно, Колыханом могли прозвать того, кто работал на гумне, веял хлеб. Кроме того, в северных и центральных губерниях слово «колыхать» иногда употребляли в значении «качать, баюкать», так что прозвище могло закрепиться за нянькой или пестуном.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ан- (как в прозвищах Болтан, Качан) образовывал именование лица по действию, а патронимический суффикс -ов/-а добавил значение принадлежности. Таким образом, Колыхановы — это прямые потомки человека, которого в своё время прозвали за походку, за обычай оберегать детей от сглаза или за работу с зерном. Какая из версий верна для конкретной ветви рода, без генеалогического исследования сказать трудно, но все они укладываются в живую картину русской жизни XV–XVII веков, когда большинство фамилий только складывалось.