Фамилия Колынин — один из тех случаев, когда у корня есть два равноправных объяснения, и оба по-своему логичны.

Первая версия ведет к тюркскому слову «колын» — жеребенок. Прозвище Колына могли дать человеку, который занимался разведением лошадей или имел к ним какое-то отношение. В русских говорах такое прозвище не редкость: называли по животным, с которыми человек работал или которых напоминал нравом. Фамилии на -ин, как Колынин, образуются именно от таких прозвищ и имен на -а/-я.

Вторая версия — уменьшительная форма от имени Николай. В просторечии Николая могли звать Колей, а Колю — ласково Колыной. Особенно это характерно для северных и центральных областей России, где аканье и смягчение согласных давали такие варианты. Имя Николай восходит к греческому «победитель народов», а его святой покровитель — Николай Чудотворец. Ребенка, родившегося на Никольщину (зимний Николин день), тоже могли назвать Колыной.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Колыны». Таких фамилий в русском языке тысячи, и они одни из самых древних, потому что не требовали переделки в официальные документы: крестьяне и горожане носили их еще до отмены крепостного права.

Какая версия правдоподобнее? Обе рабочие. Но если смотреть на географию, фамилия Колынин чаще встречается в регионах, где было сильное татарское влияние (Поволжье, Приуралье), что склоняет чашу весов к «жеребенку». Впрочем, в центральной России она тоже фиксируется — и там уже напрашивается связь с Николаем. Спор решается только генеалогией конкретной семьи: если в роду были коневоды или татары по происхождению — версия с «колын» вернее. Если же предки — русские крестьяне из-под Вологды или Костромы, скорее всего, корень в имени.

Однокоренных фамилий немного: Колынов, Колынин — редкий случай, когда основа не дала большого «гнезда». Это говорит о том, что прозвище или имя Колына не было массовым, а бытовало локально.