Фамилия Комалдинова — женская форма, образованная от мужской Комалдинов. В основе этой фамилии, скорее всего, лежит прозвище или неканоническое имя Комалда. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Комалдин — значит «сын Комалды» или «человек из рода Комалды». Само же прозвище Комалда звучит как сложное слово, и его разбор ведет к двум основным версиям.

Первая и наиболее правдоподобная: корень «ком-» восходит к тюркскому «ком» (песок) или «кум» (песок, пустыня). Вторая часть «-алда» может быть связана с тюркским «алды» (перед, впереди) или «алда» (обман, хитрость). Таким образом, Комалда могло означать «перед песками» (географическое прозвище для жителя у границы степи) или «песчаный обманщик» (ироничное прозвище ловкого человека, живущего в песчаной местности). В тюркских языках много составных имен, где первая часть описывает место, а вторая — качество.

Вторая версия видит в основе фамилии диалектное русское слово. В некоторых говорах «комалда» или «комолда» могло означать «комолый» — безрогий скот, а в переносном смысле — неловкого, простоватого человека. Однако эта версия слабее: фамилии с таким корнем крайне редки в центральных русских областях, и тюркское происхождение выглядит убедительнее из-за характерного звучания.

Фамилия Комалдинова — редкая, сконцентрирована в Поволжье и на Южном Урале, где веками шло смешение русских и тюркских народов. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды крестьян или казаков, получивших прозвище от соседей-татар или башкир. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не встречается, что говорит о ее позднем закреплении — вероятно, в середине XIX века, когда у бывших государственных крестьян массово оформляли фамилии по прозвищам.