Фамилия Комалькова — женская форма фамилии Комальков, и в её основе лежит прозвище или нецерковное имя Комаль. Слово «комаль» в русских говорах имело несколько значений: так могли называть человека с длинными, нечёсаными волосами (от «ком» — клок, пучок), либо неуклюжего, неповоротливого человека. В некоторых диалектах «комалем» именовали и медведя — отсюда возможна вторичная связь с тотемным прозвищем, которое давали сильному, но грубоватому человеку.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, указывая на принадлежность («чей сын?» — Комальков). Суффикс -к- в основе (Комаль — Комальков) встречается реже, чем в фамилиях на -ин, и говорит о том, что прозвище было образовано от существительного с уменьшительным или пренебрежительным оттенком. В отличие от фамилий вроде Комаров, где основа — название животного, здесь корень более размыт и тяготеет к диалектной лексике.

Географически фамилия Комальков встречается в основном в центральных и южных областях России — в Тульской, Рязанской, Липецкой, Воронежской губерниях. Это не случайно: именно в этих регионах слово «комаль» фиксируется в словарях народных говоров. Встречается она и на Урале, куда переселенцы из центральных губерний приносили свои прозвища в XVIII–XIX веках.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не значится, а значит, предки Комальковых — люди, получившие фамилию по уличному прозвищу, а не по землевладельческому статусу. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян с прозвищем Комаль — например, в писцовых книгах по Рязанскому уезду 1670-х годов упоминается «Комалько Иванов», что прямо указывает на основу фамилии.

С точки зрения произношения и написания фамилия устойчива: вариант Комалькова не меняет ударение (на второй слог), и в отличие от фамилий вроде Комолова или Камалькова не имеет спорных корней. Это редкий случай, когда прозвищная основа почти не вызывает альтернативных толкований — разве что кто-то попытается связать её с тюркским «комал» (песок), но для русских говоров это натяжка.