Фамилия Комарацков — редкая и по звучанию, и по способу образования. Её основа — прозвище или имя Комарец, Комарак, что уменьшительно-ласкательная форма от «комар». Но если фамилии вроде Комаров встречаются повсеместно, то Комарацков выделяется суффиксом -цк-, который чаще встречается в фамилиях польского, украинского или белорусского происхождения (например, Заблоцкий, Ковальский). Однако в русской ономастике суффикс -цк- мог появляться и в фамилиях, образованных от прозвищ на -ец или -ак: Комарец → Комарецкий, а затем, под влиянием просторечного произношения, превратился в Комарацков. То есть носитель фамилии мог быть сыном человека по прозвищу Комарец — того, кто ростом мал, назойлив или, наоборот, ловко отмахивался от комаров.

Другая, менее вероятная версия — связь с географическим названием. В Польше есть деревня Комарац (Komarac), и выходец оттуда мог получить фамилию Комарацкий, которая в русской среде обросла патронимическим суффиксом -ов. Но для фамилии Комарацков такая версия слаба: на картах Восточной Европы нет известного топонима с таким корнем, который бы дал устойчивую фамилию.

Словообразовательная модель здесь нестандартна: суффикс -ов присоединён не к основе «Комар», а к уже суффиксальной форме «Комарацк-». Это говорит о том, что фамилия формировалась в два этапа: сначала прозвище Комарец, затем фамилия Комарецкий (или Комарацкий), а потом, при закреплении в документах, появился третий суффикс — -ов, типичный для русских фамилий. Такая «тройная» конструкция встречается редко и указывает на то, что предки Комарацковых, скорее всего, жили на стыке русских и западнорусских земель — в Смоленской, Брянской или Псковской губерниях, где смешивались разные модели образования фамилий.

В дореволюционных справочниках фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её редкость. По сословной принадлежности сказать определённо сложно: носители могли быть как крестьянами, так и мещанами, но сложная суффиксация чаще встречалась у грамотных людей, писарей или священников, которые сами записывали свою фамилию. В любом случае, Комарацков — пример того, как простое прозвище обрастало дополнительными суффиксами, превращаясь в уникальный родовой знак.