Фамилия Комаргина — женская форма фамилии Комаргин, и её происхождение неочевидно. На первый взгляд, корень «комар» намекает на прозвище Кома́р: так в старину могли назвать назойливого, приставучего человека или, наоборот, того, кто мал ростом и «пищит». Но суффикс «-гин» в русской ономастике встречается редко и почти всегда указывает на финно-угорское или тюркское влияние. В северных и поволжских говорах, где смешивались русские и местные языки, суффикс мог возникать в результате адаптации иноязычных имён.

Вероятнее, что фамилия Комаргин — это русифицированная форма от мордовского (эрзянского или мокшанского) имени или прозвища. В мордовских языках есть слово «комар» со значением «хмель» (растение) или «пьяный», а также личное имя Комар, которое давали ребёнку как оберег от сглаза. Суффикс «-гин» в таком случае — русский патронимический показатель, приставленный к мордовской основе: Комарга — «сын (или потомок) Комара». Со временем форма на «-а» перешла в «-ин», как это часто бывало с фамилиями из финно-угорской среды.

Географически фамилия Комаргина (и Комаргин) привязана к Мордовии, Нижегородской области и соседним регионам. В переписях XIX века носители этой фамилии — в основном государственные крестьяне, а не дворяне. Это косвенно подтверждает «народное» происхождение: без приставки «-ский» и без связи с вотчинами. Встречается также вариант Комарьгин, где «ь» указывает на мягкое произношение, типичное для местных говоров.

Итак, если ваша фамилия Комаргина, скорее всего, предки жили на востоке европейской России, в зоне контакта русских и мордвы, а в основе лежит либо прозвище от насекомого (с «неудобным» суффиксом), либо мордовское имя-оберег. Первая версия проще, вторая — точнее объясняет нестандартную форму.