Фамилия Комбалина — редкий случай, когда основа прозвища, скорее всего, связана не с русским, а с тюркским или финно-угорским корнем. В русском языке нет слова «комбала» в значении человека или предмета, зато в тюркских языках «комба» или «кумба» означает «толстый», «пухлый», «надутый». В карельских и вепсских говорах похожее слово могло обозначать «коротышку» или «неповоротливого человека». Таким образом, прозвище Комбала давали человеку с заметной полнотой или медлительной, грузной походкой.

Словообразовательная модель типична для северных и центральных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Комбалин — сын или потомок Комбалы. Такая форма характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Если бы основа звучала как Комбалов, это указывало бы на более южное происхождение, но вариант на -ин встречается чаще в Новгородской, Вологодской, Архангельской и соседних губерниях.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «комбала» — искажённое «камбала», то есть рыба. Прозвище Рыба или Камбала могли дать рыбаку или человеку с приплюснутым носом. Однако в этом случае фамилия скорее писалась бы через «а» — Камбалин, а написание через «о» (Комбалин) поддерживает версию о тюркском заимствовании, где гласный звук был именно «о» или «у».

Фамилия не относится к дворянским и не фиксируется в старых родословных книгах. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVI–XVII веках, когда прозвища закреплялись за целыми семьями. Носители фамилии Комбалина сегодня встречаются редко, преимущественно на северо-западе России и в Поволжье, что косвенно подтверждает связь с финно-угорским субстратом или тюркскими народами, с которыми у русских были давние контакты в этих регионах.