Фамилия Комонькин — редкий пример, где основа угадывается не сразу, а при внимательном взгляде на суффикс. Перед нами типичная «полуотчества» на -кин, то есть фамилия образована от личного имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я: Комонька. Суффикс -ин (в просторечии перешедший в -кин) указывает на принадлежность: «чей сын?» — Комонькин, то есть сын Комоньки.

Само прозвище Комонька — это уменьшительная форма от «комонь». В древнерусском языке «комонь» означало коня, боевого скакуна. Слово это встречается в «Слове о полку Игореве» («комони ржутъ за Сулою») и в летописях. Таким образом, Комонька — это ласковое или уменьшительное прозвище человека, имевшего отношение к лошадям: конюха, объездчика, владельца хорошего коня или просто любителя лошадей. Параллель с современной фамилией Коньков здесь прямая, но Комонькин сохранила более архаичную, книжную основу.

Менее вероятна, но возможна версия от редкого канонического имени, например, от производных форм имени Косма (Кузьма) или от греческого имени Комон (Κόμων), которое встречалось в святцах. Однако в народной среде имя Комон не было распространено, и связь с понятным каждому «конём» выглядит гораздо убедительнее.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных источниках и современных базах она встречается точечно, преимущественно в центральных и северных губерниях России — там, где сохранялась диалектная лексика. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или служилых людей, чей быт был тесно связан с конным делом. Способ образования — через суффикс -кин — указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где отчество на -ка было нормой, то есть среди простого населения, а не дворянства.