Фамилия Комоновы образована от прозвища Комонь. В древнерусском языке «комонь» означало конь. Прозвище могло указывать на род занятий предка — уход за лошадьми, конюшню или работу с ними. Но не исключено, что так называли человека за стойкость, выносливость или резвость, сравнивая с конём. Фамилия строится по стандартной модели: к основе Комонь добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Комонов), то есть «сын Комоня» или «потомок человека по прозвищу Комонь».

Существует и другая версия: в основе фамилии могло лежать церковное имя Конон, в старину довольно распространённое. С греческого оно переводится как «трудящийся, трудолюбивый». Однако эта гипотеза менее правдоподобна: звуковой переход от Конон к Комонь нехарактерен для русской ономастики, а прозвище Комонь фиксируется в источниках как самостоятельное, без связи с каноническим именем.

Фамилия Комонов — типичный пример отпрозвищной фамилии, распространённой в крестьянской и служилой среде. Географически она встречается в центральных и южных областях России, где коневодство было частью хозяйства. Точное время возникновения назвать сложно: процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий, но в целом модель на -ов сложилась уже к XV–XVI векам.

В отличие от более прозрачных «лошадиных» фамилий вроде Конев или Жеребцов, Комонов сохраняет архаичное слово «комонь», которое вышло из живого употребления. Это делает фамилию своеобразным лингвистическим памятником: она донесла до нас древнерусскую лексику, не сохранившуюся в современном языке.