Фамилия Комонюк звучит на украинский лад и, скорее всего, имеет западноукраинское или белорусское происхождение. Её основа — слово «комонь», которое в древнерусском и диалектах означало «конь». Таким образом, прозвище Комонь давали человеку, связанному с лошадьми: конюху, завзятому наезднику, торговцу лошадьми или просто крепкому, работящему человеку, которого сравнивали с конём. Суффикс -юк характерен для фамилий Волыни, Полесья и Подолья: он указывает на принадлежность к роду (буквально «сын Комоня» или «маленький Комонь»). Менее вероятна связь с польским «komoń» (жеребец) или тюркскими заимствованиями, но славянский корень здесь основной.

География фамилии сегодня размыта: Комонюки встречаются и в Украине, и в южных областях России, и среди переселенцев в Сибири. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксировалась, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии. Редкий суффикс -юк и прозрачная основа делают Комонюк «говорящей» фамилией: предки её носителей точно имели дело с конями, будь то уход, разведение или извоз. Сравните с однокоренными Комонов, Комонь, Комоненко — все они ведут к тому же прозвищу, но Комонюк выбивается региональным колоритом.