Фамилия Комонов образована от прозвища Комонь — так в древнерусском языке называли коня. Прозвище могло указывать на род занятий предка: уход за лошадьми, работа конюхом или участие в конной тяге. Но не исключено, что прозвище дали за личные качества — стойкость, выносливость, силу, которые в народе приписывали коню. Модель типична: прозвище на -ь → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов → фамилия.

Существует и другая версия: основа фамилии — церковное имя Конон, широко распространённое в старину. В переводе с греческого оно означает «трудящийся, трудолюбивый». Однако эта гипотеза менее правдоподобна: в фамилии Комонов нет следов характерного для имён суффикса -ов/-ев (ср. Кононов — закономерная форма от Конон). Если бы в основе лежало имя Конон, мы бы имели фамилию Кононов, а не Комонов. Потеря слога «но» в таком случае маловероятна, тогда как прозвище Комонь даёт естественное, прямое словообразование.

Фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в областях, где было развито коневодство. Редкий суффиксальный вариант — Комоновых (на -их/-ых) — фиксируется в северных говорах, что указывает на территориальное расхождение одной фамильной основы.

Таким образом, предок носителя фамилии Комонов с большой долей вероятности был либо конюхом, либо человеком, которого в округе называли Комонь за сходство с конём — по работе или по характеру.