Фамилия Комонова образована от прозвища Комонь. Так в старину называли коня. Слово «комонь» — общеславянское, его находим в древнерусских летописях; оно сохранилось в диалектах и в родственных языках: польское «komoń» означало то же самое. Прозвище Комонь могло указывать на род занятий предка — уход за лошадьми, конюшню или торговлю лошадьми. Но не обязательно: в крестьянской среде коня ценили за силу и выносливость, и такое прозвище могли дать человеку крепкому, работящему, «тягловому».

Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе фамилии Комонова лежит церковное имя Конон, очень распространённое в старину. Имя это греческое, в переводе — «трудящийся, трудолюбивый». При переосмыслении на русской почве Конон мог превратиться в Комоня, а оттуда — в фамилию. Но эта гипотеза слабее: слишком далека фонетика, и нет убедительных примеров такого перехода в документах.

Суффикс -ов- в фамилии Комонова — классический русский патронимический показатель «чей?», «сын кого?». Женская форма Комонова образована по той же модели, что и тысячи других русских фамилий. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Комонь, со временем получил фамилию Комонов, а для женщин — Комонова.

Встречается фамилия нечасто, но рассеяна по разным регионам: есть в старых списках по Рязанской, Тамбовской и Вологодской губерниям. Там, где коневодство и крестьянское хозяйство были основой жизни, прозвище Комонь и возникало естественно.